항균 펩타이드가 AI로 가속돼도 구조 이해는 왜 2D인가

구글 딥마인드가 Google Antigravity for Science를 발표한 후, 항균 펩타이드(AMP) 후보 탐색이 대폭 가속되었다. 하지만 구조를 사람이 실제로 '보는' 단계는 2D 화면과 회전형 뷰어에 머물러 있다.

파이프라인을 한번 그려보자. 논문이 쏟아지고, AlphaFold 계열 예측이 구조 후보를 밀어내고, 도킹 스코어가 순위를 매긴다. 그런데 그 마지막 한 칸—사람이 "이 펩타이드가 막에 어떻게 박히는가"를 판단하는 단계—에서 우리는 여전히 평면 스크린을 돌리고 있다. 3D 구조를 2D 투영으로 접으면, 깊이 정보가 사라진다. 포켓의 입체감, 리간드가 들어가는 각도, 잔기 사이의 실제 거리. 이건 해상도 문제가 아니라 차원 문제다. 아무리 회전형 뷰어를 잘 만들어도, 평면 위의 회전은 결국 평면이다.

NexoPeek은 이 마지막 한 칸을 Meta Quest VR 공간으로 옮긴다. 분자 실험실을 6개 기둥—Biotechnology Basics, Foundations of Life, Pathways & Interactions, Medicines in Action, Genetic Technologies, Green Biotech—위에 세우고, 그 위에 12개의 내레이션 투어를 얹었다. 헤모글로빈 내부에서 산소가 결합하는 순간, 글리콜리시스에서 포도당이 분해되는 장면, 아스피린이 COX를 차단하는 모습, CRISPR‑Cas9이 DNA를 편집하는 과정을 인간 스케일에서 직접 체험한다. 내레이션이 붙어 있다는 건, 이게 그냥 뷰어가 아니라 "걸어 들어가는 강의"라는 뜻이다.

전문가용 PDB 뷰어는 별개 트랙이다. 유전자 이름을 입력하면 RCSB PDB, UniProtKB, AlphaFold DB, SWISS‑MODEL, PDBe를 한 번에 탐색한다. Mol* 프리셋으로 cartoon, ball‑and‑stick, spacefill CPK, molecular surface, B‑factor heat, tube trace를 한 번에 전환한다. 로컬 .pdb/.cif/.mol2 파일을 로드하면 정전기장선 맵과 전자밀도 볼륨을 동시에 표시한다. 여기서 엔지니어링 관점의 재미가 나온다. 서로 다른 데이터 소스를 한 씬에 정합시키려면 좌표계와 스케일을 맞춰야 하고, 그 위에 프리셋 전환이 끊기지 않아야 한다. 표현 방식을 바꿀 때마다 지오메트리를 다시 만드는 게 아니라, 같은 구조 위에서 렌더링 레이어만 갈아끼우는 식으로 설계해야 프레임이 안 떨어진다.

분석 벤치는 손을 입력 장치로 쓴다. 맨손으로 분자를 잡고 스케일·회전한다. AI 포켓 예측(PrankWeb / P2Rank), Foldseek 상동체 정렬, Ligand Inspector 수소 결합 추적, PubChem 3D 리간드 로드, 두 원자 선택 시 옹스트롬 거리 측정, 서열 잔기 'pill' 탭 시 3D 할로. 거리 측정이 손 제스처로 된다는 건 사소해 보이지만, 2D에서 마우스로 두 원자를 클릭해 수치를 읽는 것과, 공간에서 두 원자 사이에 손을 넣어보는 건 인지 부하가 다르다. 후자는 몸이 먼저 이해한다.

Room View 토글을 켜면 실제 방 안에 분자를 띄운다. 책상 옆, 벽 앞. 실내에서도 탐험할 수 있다. 데스크 셋업을 다시 만들 필요가 없다는 뜻이고, 동시에 "실험실"이라는 은유가 공간적으로 완성되는 지점이기도 하다.

솔직하게 선을 긋자. NexoPeek은 교육 및 연구 시각화 소프트웨어다. 의학적 조언·진단·치료가 아니다. AI 보조 기능은 검증된 파이프라인을 대체하지 않고 보조한다. PrankWeb이나 Foldseek 같은 도구가 내놓는 결과는 참고이지 결론이 아니다. 이건 벤치마크를 뒤집는 주장이 아니라, 도구의 위치에 대한 정직한 설명이다.

AI가 후보를 뽑는 속도는 계속 빨라질 것이다. Antigravity for Science 같은 흐름은 그걸 더 밀어붙인다. 하지만 후보가 쏟아질수록, 그걸 판단하는 사람의 마지막 단계가 병목이 된다. 그 병목을 2D 회전 뷰어에 그대로 두는 건, 파이프라인 앞단만 최적화하고 뒷단을 방치하는 셈이다. 구조를 진짜로 보는 일—그건 아직 우리가 덜 최적화한 영역이다.

Meta Quest에서 NexoPeek을 만나보세요: https://www.meta.com/experiences/nexopeek/1453797551140347/